Oi Glauber.
Se as exceções estiverem corretas, assim como as alíquotas e bases, não terá problemas em mapear a BAPI. Será necessário apenas indicar corretamente o código de imposto (ITEMDATA-TAX_CODE) de cada item e a categoria de nota (HEADERDATA-J_1BNFTYPE).
Mas é importante garantir junto ao fiscal que as tabelas de exceções estejam 100%! Além disso, as configurações para determinação do CFOP.
O maior trabalho que terá será o de determinar para cada cenário o código de imposto, a não ser que já esteja definido no pedido de compras, por exemplo.
Não é bom assumir o preenchimento do TAXDATA para dentro do seu programa, pois pode acabar assumindo responsabilidade que seria do time fiscal. Se o time fiscal faz um trabalho legal aí, tendo divergência entre valor total da fatura e os impostos calculados, pode evitar que seja registrada uma nota fiscal com algum erro cometido pelo seu fornecedor. Não vai fechar o saldo do valor total e será possível encontrar diferenças.
Mas cada cenário é uma necessidade diferente.
Boa sorte aí!
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