Hola Jose Antonio, esto sucede porque tus facturas tienen la opción de iva diferido activado, y segun las pruebas que he hecho la opción enlazar facturas y pagos solo funciona si tus facturas no tienen iva diferido, puede probar creando una factura y en la ficha de finanzas quita la opción que dice Impuesto diferido luego crea el pago a cuenta entonces si te dejará enlazar.
En dado caso puedes usar la opción de reconciliación de SN para "enlazar" las facturas y los pagos a cuenta (en esta opción te dira que no coinciden los IVAS y que debes crear un asiento de compensación) mismo que debe ser el de traslado de IVAS.
Espero te sea de utilidad.
Saludos, Naye.
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